Lietuvos institucijos
ESSC bendradarbiauja su asmens ir visuomenės sveikatos priežiūros įstaigomis, savivaldybių gydytojais, Krašto apsaugos, Ūkio ministerijomis, Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo departamentu prie Vidaus reikalų ministerijos, Lietuvos Hidrometeorologijos tarnyba, aplinkosaugos ir kitomis institucijomis bei žinybomis.
2007 m. gruodžio 4 d. pasirašytas bendradarbiavimo susitarimas tarp ESSC ir Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo departamento prie Vidaus reikalų ministerijos, nustatantis jį pasirašiusių šalių keitimosi informacija sveikatos priežiūros organizavimo klausimais incidentų, ekstremaliųjų įvykių ir ekstremaliųjų situacijų atvejais tvarką, bendradarbiavimo civilinės saugos ir gelbėjimo sistemos institucijų veiklos, apsinuodijimų informacijos ir kontrolės, pirmosios ir skubiosios medicinos pagalbos, informacijos apie pavojingus objektus srityse pagrindus. ESSC įsipareigojo organizuoti ir užtikrinti nuolatinį informacijos priėmimą, analizę ir teikimą Sveikatos apsaugos ministerijos vadovybei, asmens ir visuomenės sveikatos priežiūros įstaigoms, valstybės institucijoms, Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo departamentui prie Vidaus reikalų ministerijos sveikatos priežiūros organizavimo klausimais incidentų, ekstremaliųjų įvykių ir ekstremaliųjų situacijų atvejais, metodiškai vadovauti, koordinuoti sveikatos priežiūros įstaigų pasirengimą veiklai ekstremaliųjų situacijų ir įvykių metu, rengti bendras pratybas ir kt.
2010 m. gegužės 19 d. pasirašyta bendradarbiavimo sutartis tarp ESSC ir Lietuvos Hidrometeorologijos tarnybos dėl informacijos apie artėjantį arba prasidėjusį pavojingą, stichinį ar katastrofinį meteorologinį reiškinį, turintį poveikį žmonių sveikatai, teikimo. ESSC įsipareigojo rengti rekomendacijas, kaip apsaugoti sveikatą pavojingų meteorologinių įvykių metu.